En 1478 es fundado en España por los Reyes Católicos – Isabel y Fernando –, con la autorización del papa Sixto IV, el Tribunal de la Santa Inquisición, un Tribunal mixto, integrado por varios eclesiásticos, expertos conocedores del dogma y moral católicos, del Estado y de la Iglesia, que se ocupaba de juzgar los delitos relacionados con la fe y las buenas costumbres. El principal propósito del tribunal era vigilar la sinceridad de las conversiones de judíos y musulmanes. El primer inquisidor general fue el célebre fray Tomás de Torquemada.
Ya en 1569, durante el reinado de Felipe II, se estableció Tribunal del Santo Oficio de Lima y México y en 1610 se estableció el tercer y último tribunal en Cartagena de Indias. Hubo algunos casos de tortura al comienzo, como el cacique Don Carlos de Texcoco o los tres indios de Tlaxcala, pero fueron tan polémicos que dos años después los indígenas fueron excluidos de la acción de dicho Tribunal al considerarlos neófitos en la fe. Aún así el número de reos fue elevado, como ejemplo, el inquisidor Pedro Ordónez Flórez, quien dejó 184.225 presos en 17 años
El inquisidor Torquemada estableció en forma categórica que los reos no deberían sangrar ni sufrir lesiones. Se ideó entonces un sistema de tortura que buscaba dar dolor sin dejar mayores heridas. Tal fue el caso del "potro", instrumento de tortura en el que la víctima, atada de pies y manos con unas cuerdas o cintas de cuero, a los dos extremos de este aparato, era estirada lentamente produciéndole la luxación de todas las articulaciones -muñecas, tobillos, codos, rodillas, hombros y caderas-; el "castigo del agua", que lo obligaba a tragar agua en demasía, aproximadamente 10 litros, ayudándose el torturador de un embudo y le impedía respirar, produciéndose en la mayoría de las ocasiones la explosión del estómago; y la "garrucha", cordel atado a una polea que alzaba al prisionero desde los brazos, atados a su espalda, llevando un fuerte peso en los pies.
